17 mars 2017

Mise en contexte

Mise en contexte

« Finalement, comme plusieurs d'entre-vous n'ont pas beaucoup de temps pour (…) reprendre tout ce que vous venez de produire en R pour en faire un rapport avec de multiple copier/coller/effacer/modifier/jeter/recommencer, il serait peut-être intéressant pour vous de commencer à utiliser RMarkdown.»

\(\quad\) - Samuel Cabral Cruz

\(\quad\) Analyste en actuariat chez DGAG, promotion 2015

Plan de match

Markdown

R Markdown

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Créé par John Gruber en 2004

Dernière mise à jour en 2004

Langage de balisage léger : structure, équations, tableaux, titres, images, etc.

Utilisateurs :

  • Stack Overflow
  • Stack Exchange
  • Blogs

Markdown

Exemples d'utilisation de Markdown

Stack Overflow

Exemples d'utilisation de Markdown

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Exemples d'utilisation de Markdown

Stack Exchange

Exemples d'utilisation de Markdown

Stack Exchange

Markdown

  • On se concentre sur la structure
  • Outils simples pour
    • Code
    • Équations
    • Liens
    • Images
    • Listes

Markdown

R Markdown

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Résultat quand on change le code (ordre, structure), les données, les graphiques, les tableaux?

R Markdown

Programmation lettrée

  • Donald Knuth (TeX, The Art of Computer Programming)

  • Alternance :

    • Mots
    • Code
    • Mots
    • Code
    • etc.

Étapes de compilation

Avantages

  • Courte période d'apprentissage

  • Recherche reproductible

  • Automatisation

  • Conversion simple vers plusieurs formats

Exercice 1 : Installation de R Markdown

Exercice 2 : Compilation d'un fichier source

Balises du code R

RStudio :

  • Raccourci clavier: Ctrl + Alt + I

  • Bouton Vert "chunk"

Options d'affichage du code R

echo : affiche le code source si TRUE (par défaut)

eval : exécute le code et affiche la sortie si TRUE (par défaut)

Options d'affichage du code R

R Markdown

Extrait du travail pratique

R Markdown

Solution : simplement en affichant le data.frame

\(\qquad \qquad \quad\)

Exercice 3 : Options d'affichage du code R

Solution Exercice 3

Formats R Markdown

  • PDF (requiert LaTeX)
  • HTML
  • Diapositives (HTML ou PDF)
  • Word

Exercice 4 : Formats R Markdown

Personnalisation du format

  • Tout passe par l'en-tête
  • La syntaxe est importante → respecter indentations et ":"

Exercice 5 : Personnalisation du format

Outils supplémentaires

Équations

  • $\sqrt{4x^2} = 2x$
  • \(\sqrt{4x^2} = 2x\)

Sorties R au fil du texte

  • Je vois `r 2 + 3 ` pommes
  • Je vois 5 pommes

Outils supplémentaires

Comment récupérer le code R contenu dans un document R Markdown?

  • Fonction purl() du package knitr

  • Tout reste contenu dans le document .Rmd et peut être généré à partir de celui-ci

    • render("Fichier.Rmd") \(\quad\) → \(\quad\) PDF, Word, HTML

    • purl("Fichier.Rmd") \(\qquad\) → \(\quad\) .R

Exercice supplémentaire : Extraction du code R contenu dans un document R Markdown

Documentation R Markdown